Принято считать, что ниндзя являются членами обособленных кланов, которые были сформированы из людей, оказавшихся в Японии средних веков вне общества: ронинов, бежавших от расправы преступников и мятежников, бродячих монахов, отшельников и жителей отдельных селений в горах. Когда в Японии наступила эпоха феодальных войн, которая длилась в течение пяти веков, их начали нанимать для диверсионно-террористической деятельности и шпионажа удельные князья, которые принадлежали к соперничавшим военно-политическим группировкам.

Это объясняют тем, что такие задачи, согласно представлениям о морали тех времен, успешнее всего могли решать не самураи, которые должны были веси войну по установленным правилам, а находящиеся за пределами иерархии общества, не подчинявшиеся общепринятым нормам и правилам. Их ненавидели, боялись и презирали, но без них невозможно было обойтись, пока шли бесчисленные войны. Внутри таких кланов постепенно складывалась специальная дисциплина, основной целью которой являлось обоснование лучших способом проникновения незамеченным в ряды противника, его сокрушение изнутри после выведывания всех его секретов. Эта дисциплина и получила название ниндзюцу, то есть искусство оставаться невидимым для противника.