21 апреля 1500, Педро Алвэйрс Кабрал и его команда прибыли в Бразилию, объявив ее колонией Португалии. В числе первостепенных задач новоприбывших было подчинение местного населения для того, чтобы обеспечить португальцев дешевой рабочей силой. Это предприятие вскоре потерпело крах – индейцы быстро умирали в неволе или убегали в свои находящиеся неподалеку поселения. Тогда португальцы начали ввозить рабов из Африки. Приблизительно 3.5 миллиона человек были привезены в Бразилию в течение 350 лет работорговли.

Они если и убегали, не рисковали углубляться далеко в джунгли и основывали свои вольные поселения – киломбос или мокамбос – вблизи городов и плантаций португальцев, которые могли без особых трудностей отловить их снова.

Согласно популярной теории происхождения капоэйры она зародилась в самом крупном из таких поселений беглых рабов «королевстве» Киломбо дос Пальмарес. Это «королевство» существовало на протяжении всего XVII века в районе Пернамбуко. В эпоху расцвета «Пальмовой республики» (1645 г.) она насчитывала до 11000 жителей в десятке деревень. После разгрома Киломбо дос Пальмарес капоэйра продолжала развиваться чернокожими на плантациях, замаскированная под танец, чтобы им можно было заниматься под носом у белых рабовладельцев.

Примерно с 1814 г. капоэйра и другие проявления африканской культуры подвергались репрессиям, а кое-где и запрещались хозяевами рабов. До этого африканские традиции иногда даже поощряли, отчасти для уменьшения внутреннего напряжения, порождаемого рабством, отчасти, чтобы внести отчуждение между разными этническими группами африканцев. Документированный этап, своего рода новая история капоэйры начинается подписанием Золотого Закона в 1888 г., который отменил рабство. Ввоз рабов был запрещен еще раньше – в 1850 г. законом Кейроза, но на протяжении еще почти сорока лет работорговля продолжалась нелегально. В 1892 г. капоэйра была запрещена первой конституцией Бразильской Республики.

Было много мотивов для запрещения Капоэйры. Прежде всего, она давала африканцам ощущение национальной сплоченности. Она также развивала чувство уверенности у тех, кто ее практиковал. Капоэйра создавала маленькие, организованные группы. Она также рождала проворных и опасных бойцов. Бывало, что рабы ранили друг друга, практикуя Капоэйру, что было абсолютно невыгодно с экономической точки зрения. В Рио де Жанейро (Rio de Janeiro), где Капоэйра развивалась исключительно как форма единоборства, стали появляться криминальные группировки, терроризирующие местное население. Однако в Баийи (Bahia) Капоэйра продолжала развиваться как ритуально-танцевально-боевая игра. Но истинное искусство было тщательно скрыто от непосвященных. Мастера капоэйры и их самые близкие ученики собирались в секретных местах, для того чтобы провести "роду". Это были люди, старающиеся поддержать древние традиции, развивающие не только физическую составляющую стиля, но философский аспект, пели древние песни и играли на простейших инструментах. Они имели два имени: одно – для мира капоэйры, другое – для жизни в народе. Эта традиция сохранилась до сих пор, когда во время ритуала посвящения "батизада", ученику дается капоэйристское имя.

Несмотря на все сложности, капоэйра стала пользоваться популярностью. Ею начали заниматься не только люди, относящиеся к низшему классу, но и граждане из уважаемых семей, а иногда и заезжие иностранцы. В 1930 году военный переворот изменил политическую ситуацию в стране. Ослабли гонения на капоэйру как на проявление народной культуры.

В 1932 г. в Сальвадоре, мастер Бимба (Мануэль дус Рейш Машаду) открыл первую академию капоэйры. Это стало возможным благодаря диктатору Гетулио Варгасу (Getulio Vargas), способствовавшему распространению капоэйры как бразильского национального вида спорта. С этого момента Бимба начал преподавать капоэйру. Он делал все возможное для того, что бы легализовать капоэйру в качестве национального вида борьбы. Бимба разработал стиль «Капоэйра режиунал».

Но Бимба был не один в стремлении развивать капоэйру. Среди тех, кто получил известность и народную популярность во времена мастера Бимбы был мастер Паштинья (Висенте Феррера Паштинья). Его школа "капоэйры Анголы" была открыта в 1941 году. Стиль мастера Паштиньи так и называется "Ангола", в честь места на Африканском континенте, откуда привозили рабов. Мастер Паштинья и мастер Бимба считаются ключевыми фигурами, определившими развитие современной капоэйры. Если мастер Бимба отдавал приоритет боевым аспектам капоэйры, то мастер Паштинья подчеркивал ее традиционно ритуальный и игровой характер.